菏澤醫學專科學校創建于1950年冬,其前身是平原省衛生學校,由菏澤專員公署衛生科主辦。


  1953年,平原省撤消,菏澤地區劃歸山東省管轄,學校名稱改為山東省菏澤初級衛生學校。


  1955年下半年,學校由初級衛生學校升為中級衛生學校,學校名稱改為山東省菏澤衛生學校。當年12月正式招收初中畢業生,學制三年。


  1958年,經山東省人民政府批準,將菏澤衛生學校升格為專科學校,改建為“山東省菏澤地區醫學專科學校”,學制五年,醫療專業招收初中起點畢業生,同時也招收中專學生。


  1962年,停辦大專,改辦中專。


  1969年,受文化大革命的影響,學校被撤消


  1970年,學校恢復招生,并由中專升格為專科學校,命名為菏澤地區醫學專科學校,招收二年制工農兵學員。


  1973年,改辦中專,學校名稱為菏澤地區衛生學校。


  1978年1月,經國務院批準,菏澤地區衛生學校恢復為專科學校,改名為菏澤醫學專科學校,校名沿用至今。